Pejabat Pengarah, HCTM telah diwujudkan sejak HUKM ditubuhkan yang bertanggungjawab dalam memantau semua fungsi-fungsi operasi hospital supaya dapat berjalan dengan lancar. Pada tahun 2008, Pejabat Pengarah HUKM dan Pejabat Dekan Fakulti Perubatan telah digabungkan menjadi satu pusat pengurusan bagi HUKM dan Fakulti Perubatan dan diketuai oleh Dekan Fakulti Perubatan dan Pengarah PPUKM Prof. Dato’ Dr. Lokman Saim.

 

Setelah 9 tahun penggabungan tersebut berlaku, penstrukturan semula telah dibuat pada penghujung 2017 di mana Pejabat Pengarah, HCTM dan Pejabat Dekan Fakulti Perubatan telah dipisahkan. Pejabat Pengarah, HCTM kembali sebagai satu entiti yang bertanggungjawab penuh memantau  keseluruhan proses operasi di HCTM. Pejabat Pengarah telah diketuai oleh 7 orang Pengarah sejak penubuhannya pada tahun 1996.